１ 債務超過にしないこと
会社を清算する際に、気を付けるべきことがいくつかあります。
まず、清算結了時に債務超過にしないこと。これは任意整理ができる場合にのみ当てはまることではあります。清算中に債務超過の疑いがある時は、清算人は裁判所に特別清算の申出をする必要があります。そうすると、裁判所の認可が必要になるなど、任意整理と比較すると手続きが大変になります。
２ 債務免除のタイミングに気を付けること
子会社が赤字で存続していた場合には、親会社が結構な金額を貸し付けていることが良くあります。この場合に、親会社が債務免除をしないと子会社が債務超過になってしまいます。そこで、親会社が子会社の債務を免除することがひつようになるのですが、同じ債務免除をするのでも、タイミングに気を付けないとえらいことになる可能性があります。
H22年の法人税法の改正で、清算中の会社の課税所得は財産法から、通常の所得計算で算出した所得金額課税に変更になりました。これにより、債務超過の会社が清算する場合に残余財産がないと見込まれる時は、期限切れ欠損金（＊１）の損金算入が認められことになり、多額の債務免除益が計上されていても 期限切れ欠損金が十分に大きければ、課税はされないことになりました。
残余財産がないと見込まれるか否かの判定は清算中の年度で行いまので、解散年度で多額の債務免除を受けると「期限切れ欠損金の損金算入」の適用を受けることができず、課税所得が生じる可能性が大きくなります。
３ 清算人は残余財産の分配をする場合には、先に税金を払うこと。第二次納税義務者になります。
当該解散した法人に課されるべき国税などを納付しないで、清算人が残余財産の分配等をすると、清算人は第二次納税義務者になります。
私も外国法人の清算人になる場合に、消費税や源泉所得税の未納があることが多々あります。これらをきちんと納税してからでないと、清算人も納税義務者になるので大変です。気を付けましょう。
４ 均等割
細かい話ですが、均等割という最低限の地方税は清算中も営業活動があれば発生します。回収等もなく、もっぱら清算のための法務的な手続きのために存在しているのであれば、均等割は発生しないという申告書でもいいと思います。
ちなみに、休眠会社にするのであれば、均等割りは発生しませんが、申告義務は残ります。
（＊１ 期限切れの欠損金には否認・流出分も含まれるので、何か不思議な感じではあります。）
（朝のアークヒルズ入口）